È un fatto certo le religione ebraica fece la sua apparizione nell'Isola durante il periodo coloniale, data l'influenza che questa religione aveva nella metropoli spagnole. Sebbene, i primi ebrei arrivarono sull'Isola provenienti dagli Stati Uniti. Nei primi anni del XX secolo fondarono l'United Hebrew Congregation che, nel l906, acquistò un terreno e vi costruì il Cimitero Macabeo, nella località avanera di Guanabacoa. Tuttora cimitero della comunità ebrea dell'Avana.

Prima che esplodesse la Prima Guerra Mondiale ebrei sefarditi, provenienti dalla Turchia, arrivarono sull'Isola. Questo gruppo fondò la Chevet Ahim, istituzione che successivamente diventò il Centro Safaradi.

Alla fine della Prima Guerra Mondiale si assiste ad una gran ondata migratoria di ebrei ashkenazies. Furono loro i fondatori dell'importante Centro Israelita ed altre istituzioni, con le quali crearono una rete di lavoro in funzione dell'istruzione e delle attività comunitarie, oltre a quelle di tipo religiose.

Dal 1959 con la Rivoluzione a Cuba, buona parte della comunità ebrea emigrò negli Stati Uniti, e di fatto la popolazione ebrea cubana si ridusse di quasi il novanta per cento.

Nell'attualità ci sono nel paese 500 famiglie con 1.500 cubani che rimangono fedeli alle loro radici e tradizioni. Questi si raggruppano fondamentalmente in sei comunità ebree stabilite in Santiago de Cuba, Camagüey e Villa Clara e tre Sinagoghe in Città dell'Avana.